Prototype 2 расскажет историю одного сержанта, который в первый день катаклизма потерял свою семью. Нью-Йорк полностью изменился, его улицы охвачены зверством мутантов, а виной этому - главный герой первой части - Алекс Мерсер. Теперь вы жаждите мести и сделаете все, чтобы добраться до главного мутанта. Ваше тело поразил вирус, который позволяет получать способности своих поверженных врагов.

Главный герой игры, Алекс Мерсер, является «Prototype» - могущественной машинной для убийств. Кто вас таким сделал? Кем вы были раньше? Как вам вернуть воспоминания? На эти вопросы вы постараетесь получить ответ. Могущественная корпорация, правительственная армия и различные мутанты с уникальными способностями попытаются вас остановить. Но вы были созданы, чтобы уничтожать все живое и равных вам