Действие игры начинается в 2012 году, играть вы будете за обычного бармена Дезмонда Майлза, которого похищает корпорация «Абстерго». Очнувшись, Дезмонд узнает, что он потомок великого ассасина Альтаира, который когда-то обнаружил важный артефакт. При помощи специальной машины «Анимус», «Абстерго» способны изменить генетическую память, а по сути, отправляют вас в 1191 год в тело вашего предка